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Schulungsübersicht
Einführung in Fiji und ImageJ
- Überblick über Fiji und dessen Anwendungen in der wissenschaftlichen Forschung
- Verständnis der Architektur von ImageJ und dessen Plugins
- Installation und Einrichtung von Fiji für optimale Leistung
Grundlagen der Bildverarbeitung
- Bildakquise und Importformate
- Anpassung von Kontrast und Helligkeit sowie Anwendung von Filtern
- Bildstapelung und Projektionsmethoden
Fortgeschrittene Bildanalyse
- Segmentierungstechniken: Schwellenwertbildung und Kantenerkennung
- Zählung von Objekten und Partikelanalyse bei histologischen Proben
- Messung von Flächen, Umfängen und anderen morphologischen Merkmalen
Arbeit mit biologischen Proben
- Verarbeitung von Bildern histologischer Gewebe, Blutzellen und Algen
- Farbdekonvolution und Analyse angefärbter Gewebe
- Zeitraffer-Analyse und Verfolgung der Zellbewegung
Automatisierung und Anpassung
- Erstellen und Ausführen von Makros für wiederkehrende Aufgaben
- Nutzung von Fiji-Plugins für spezialisierte Analysen
- Grundlegende Skripterstellung mit der ImageJ-Makrosprache (IJM)
Datenmanagement und Berichterstattung
- Exportieren von Ergebnissen und Erstellen von Berichten
- Annotieren von Bildern und Vorbereiten der Daten für Publikationen
- Best Practices für reproduzierbare Bildanalysen
Zusammenfassung und nächste Schritte
Voraussetzungen
- Grundlegendes Verständnis biologischer Bildgebungskonzepte
- Vertrautheit mit Mikroskopie- und histologischen Techniken
- Grundlegende Computerkenntnisse
Zielgruppe
- Forscherinnen und Forscher in den Bereichen Biotechnologie und Umwelttoxikologie
- Laborfachkräfte, die mit histologischer und zellulärer Bildgebung arbeiten
- Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler, die an quantitativer Bildanalyse interessiert sind
14 Stunden
